산토 토마스 대학은 아시아에서 역사가 가장 긴 대학이며,

학생 수에 있어서 단일 캠퍼스로는 카톨릭 계통 대학 중에서는 가장 큰 대학이다.

1611년 4월 28일 Domingo De Nieva 신부, Bernardo De Santa Catalina 신부와 함께

마닐라의 3대 대주교였던 Miguel De Benavidez에 의해서 개교됐다.

초창기의 개교 목적은 젊은 남자들에게 성직자가 되기 위한 교육을 시키기 위한 학교 설립이 목적이었다.

성곽 도시인 인트라무로스에 처음 문을 열였을 당시의 이름은 Colegio De Nuestra Senora Del Santisimo Rosario였으나

그 뒤 도미니칸파 최고의 신학자인 성토마스 아퀴나스를 기념해 Colegio De Santo Tomas로 개명되었다.